El Hospital está gestionado por la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, actuando como Órgano colegiado de gestión el Comité de Dirección constituido por:
- Directora Gerente: Dra. Patricia Segura Sádaba.
- Dirección de Operaciones y Calidad: Eider Etxeberria Oiarbide.
- Dirección de Enfermería: Mª Asunción Sánchez Ruiz.
- Dirección Económico y Financiera: Begoña Azanza Crespo.
- Dirección de Personas y Valores: Ignacio Bravo Nuevo.
