El Hospital está gestionado por la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, actuando como Órgano colegiado de gestión el Comité de Dirección constituido por:

• Directora  Gerente: Dra. Patricia Segura Sádaba.
• Directora Médico: Dra. Amaia Campo Núñez.
• Dirección de Enfermería: Susana Martínez Agorreta.
• Dirección Económica y Administrativa: Begoña Azanza Crespo.
• Dirección de RR.HH, Calidad y Organización: David Iriarte Aguirre.
• Superior de la Comunidad de Hermanos: Hno. Gabino Gorostieta.