Existen datos de la presencia de los Hermanos de San Juan de Dios en Navarra en el siglo XVII. En 1696, en el reinado de Carlos II de España y IV de Navarra, los hermanos regentaron que también se conoció como Hospital del Rey y fue demolido en 1840.
Entre 1904 y 1923, los hermanos se vinculan a la institución «San Francisco Javier» y al cuidado de enfermos mentales.
En 1935 los hermanos adquieren los terrenos y comienzan a construir el edificio diseñado por el arquitecto pamplonés Víctor Eusa.
En 1943 comienza su “historia reciente”. Este es el relato:
1943 El Hospital se inauguró el 27 de octubre como Clínica abierta especializada en Cirugía y Toco-Ginecología. Todavía se conserva el aspecto externo que el arquitecto Víctor Eusa imprimió con su estilo característico y reconocido por la Institución Príncipe de Viana como edificio arquitectónico protegido.
1969 Se concierta con el Instituto Nacional de Previsión la asistencia hospitalaria pública de pacientes de Medicina Interna y de Cirugía.
1978 INSALUD recalifica la clínica como Hospital Comarcal del Grupo V, Nivel III y firma un concierto para la asistencia de los beneficiarios de la Seguridad Social.
Este mismo año se organiza un nuevo Servicio de Hemodiálisis que funcionó durante más de veinte años.
1990 El Servicio Navarro de Salud-Osasunbidea integra el Hospital en la Red Pública Asistencial de Navarra como centro privado de utilización pública sin ánimo de lucro, a través de un Convenio que se ha ido renovando periódicamente hasta la actualidad.
1992 Se crea la nueva Unidad de Cuidados Paliativos para atender pacientes oncológicos, pionera en la Comunidad de Navarra. Además, asisten a pacientes terminales de SIDA y a enfermos de Alzheimer (periodos de respiro familiar).
1999 – 2000 Se inauguran las nuevas Consultas Externas y el Laboratorio de Análisis Clínicos.
2003 Apertura de la nueva Unidad de Daño Cerebral y nuevas instalaciones para la Unidad de Cirugía Mayor Ambulatoria (UCMA). Ese mismo año, las Unidades de Farmacia y UCMA obtienen la Certificación ISO 9001:2000.
2004 Implantación del nuevo Servicio de Rehabilitación y obtención de la ISO 9001:2000 de las Unidades de Medicina Interna, Laboratorio de Análisis Clínicos y Servicio de Limpieza.
2005 Se obtiene el sello de bronce de Calidad Europea EFQM. Entra en funcionamiento la Unidad de Rehabilitación Geriátrica y el Equipo Soporte de Atención Domiciliaria de pacientes oncológicos terminales coordinado con Atención Primaria con cobertura para toda Navarra.
2006 El Servicio de Rehabilitación, la Unidad de Geriatría, la de Cirugía con Ingreso y el Bloque Quirúrgico obtienen la Certificación ISO 9001:2000. Ese mismo año se amplía la capacidad global de hospitalización médica pasando de 104 a 115 camas.
2008 Comienza a funcionar la Unidad Asistencial de Tudela con 20 camas, para la atención de pacientes de esta Área de Salud.
2009 Obtención de las Certificaciones de Calidad ISO 9001:2008 y de Medio Ambiente 14.001:2004.
2010 Se amplía la cartera de servicios de la Unidad Asistencial de Tudela para atender también a pacientes de Cuidados Paliativos, Medicina Interna y Psicogeriatría.
2011 Comienza la construcción de las instalaciones provisionales donde se ubicarán algunos servicios hasta la finalización del Proyecto de Renovación de Estructuras, cuyo inicio está previsto en 2012.
2012 Se realiza el traslado a las instalaciones provisionales y comienzan, el 30 de julio, las obras de Renovación de Estructuras con una duración prevista de tres años.
El Acto de Colocación de la Primera Piedra tiene lugar el día 1 de octubre con la asistencia de la presidenta de la Comunidad Foral de Navarra, Dª Yolanda Barcina Angulo.
2013 El ejercicio 2013 se caracteriza por la incertidumbre, debido, principalmente, a la coyuntura económica. Se logra llegar a un acuerdo con la plantilla para un convenio a la baja, lo que pone de manifiesto su compromiso con la Orden.
El convenio con el SNS-O, tras un año de intensas y difíciles negociaciones, no se firma hasta el mes de diciembre.
2014 En noviembre de 2014 finalizan las obras del nuevo edificio y se realiza el traslado a las nuevas instalaciones. En diciembre comienzan las obras de renovación del antiguo edificio.
2015 En el mes de agosto de 2015 terminan las obras de rehabilitación del antiguo edificio y, tres meses más tarde, en noviembre de ese mismo año, se realiza el traslado a estas instalaciones.
2016 En marzo del año 2016 se da por finalizada la segunda fase del gran Proyecto de Renovación de Estructuras del Hospital y el 19 de abril se realiza la inauguración oficial del nuevo edificio y de la reforma del antiguo.
Un acto institucional al que acude la Presidenta del Gobierno de Navarra, Dª Uxue Barkos, el Superior de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, Hno. Jesús Etayo, y el Superior Provincial, Hno. José Luis Fonseca, entre otras autoridades.
2017 Hermanamiento con el Hospital de San Juan de Dios de Koforidua (Ghana) en África.
2018 Conmemoración de los 75 años de historia y servicio de San Juan de Dios en Pamplona y el décimo aniversario de nuestra Unidad Asistencial de Tudela.
2021 Creación de la Unidad de Salud Física y Mental. Respuesta asistencial integrada y pionera a pacientes con un trastorno físico grave que requiere hospitalización y que paralelamente presentan una afectación mental concomitante.
2022 El Hospital obtiene la certificación de Excelencia en Cuidados Paliativos Newpalex (pacientes oncológicos y no oncológicos). Primer centro acreditado en España en este método de gestión sanitaria en cuidados paliativos por la Fundación New Health (www.newhealthfoundation.org). Unidad de hospitalización y Equipos de Soporte de Atención Domiciliaria (ESAD).
